MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pMT1

Total Repeats: 386

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017155	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017155	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017155	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017155	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017155	TA	3	6	1998	2003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017155	CTAC	3	12	2009	2020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017155	CCAA	2	8	2710	2717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017155	AT	3	6	2752	2757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017155	A	6	6	2917	2922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017155	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017155	AAAG	2	8	5889	5896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017155	CTT	2	6	11182	11187	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017155	TTC	2	6	13256	13261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017155	ATA	2	6	13303	13308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017155	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017155	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017155	CAG	2	6	18553	18558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017155	AG	3	6	18991	18996	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017155	TA	3	6	19833	19838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017155	AAT	2	6	21127	21132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017155	GGC	2	6	22429	22434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017155	GCC	2	6	22438	22443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_017155	TTAC	2	8	23171	23178	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017155	TAGG	2	8	26542	26549	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017155	AAC	2	6	28499	28504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017155	TA	3	6	28583	28588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017155	TAA	2	6	28591	28596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017155	TA	4	8	28610	28617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017155	GGT	2	6	28712	28717	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017155	GGC	2	6	28736	28741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017155	CCA	2	6	28754	28759	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_017155	GCA	2	6	28820	28825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017155	AGC	2	6	28831	28836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017155	TGA	2	6	28886	28891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017155	TTTG	2	8	28898	28905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017155	TGA	2	6	29848	29853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017155	CGT	2	6	29932	29937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017155	ATC	2	6	29943	29948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017155	CTT	2	6	29995	30000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017155	CAG	2	6	30002	30007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017155	GTT	3	9	30023	30031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017155	TA	3	6	32074	32079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017155	TACT	3	12	32082	32093	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017155	ATA	2	6	32094	32099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017155	TCA	2	6	33818	33823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017155	GGC	2	6	33864	33869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017155	AGA	2	6	33942	33947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017155	TAA	2	6	35004	35009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017155	TTA	2	6	35024	35029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017155	AT	3	6	35085	35090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017155	ATTT	2	8	35114	35121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017155	GAA	2	6	35174	35179	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017155	T	8	8	35182	35189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017155	A	6	6	35200	35205	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017155	ATAA	3	12	35266	35277	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017155	ATTTT	2	10	36025	36034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017155	T	6	6	36031	36036	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017155	AGT	2	6	36139	36144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017155	CGA	2	6	36145	36150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017155	GC	3	6	36193	36198	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017155	T	6	6	36303	36308	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017155	TTG	2	6	36340	36345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017155	T	6	6	36351	36356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017155	TG	3	6	36425	36430	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017155	A	6	6	36456	36461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017155	TGTCG	2	10	36496	36505	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017155	CCG	2	6	36789	36794	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017155	CT	3	6	36840	36845	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017155	TGG	2	6	36875	36880	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017155	AAAG	2	8	36885	36892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017155	CCCCT	2	10	36905	36914	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_017155	TTG	2	6	37428	37433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017155	TGG	2	6	37485	37490	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017155	GTT	2	6	37509	37514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017155	GGTG	2	8	37534	37541	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017155	CCA	2	6	37578	37583	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_017155	ATC	2	6	37653	37658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017155	GAA	2	6	37757	37762	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017155	TCC	2	6	37893	37898	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_017155	TTG	2	6	37920	37925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017155	A	6	6	37953	37958	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017155	TAA	2	6	37976	37981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017155	TCC	2	6	37985	37990	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017155	TTG	2	6	38564	38569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017155	A	6	6	38687	38692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017155	ACCT	2	8	38731	38738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017155	TCT	2	6	42166	42171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017155	AAC	2	6	43357	43362	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017155	ACA	2	6	43367	43372	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017155	AGA	2	6	43379	43384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017155	TAAG	2	8	43418	43425	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017155	CGTCA	2	10	43479	43488	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017155	CAG	2	6	43521	43526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017155	GCTTAT	2	12	43587	43598	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017155	TAT	2	6	43657	43662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017155	T	7	7	43672	43678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017155	TAT	2	6	44796	44801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017155	TCT	2	6	44855	44860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017155	ACT	2	6	44865	44870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017155	TC	4	8	44881	44888	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_017155	TCGT	2	8	44961	44968	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017155	GCC	3	9	44995	45003	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017155	ATT	2	6	45829	45834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017155	AAT	2	6	45849	45854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017155	AG	3	6	45864	45869	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017155	AGA	2	6	45877	45882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017155	AG	3	6	45973	45978	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017155	ATA	2	6	45980	45985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017155	CT	3	6	46009	46014	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017155	AGG	2	6	46045	46050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017155	AT	3	6	46112	46117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017155	GTTT	2	8	46140	46147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017155	CCA	2	6	46148	46153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_017155	CA	3	6	46152	46157	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017155	AG	3	6	46335	46340	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017155	ACCA	2	8	46365	46372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017155	AG	3	6	46377	46382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017155	TGA	2	6	46418	46423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017155	CCA	2	6	46453	46458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_017155	AG	3	6	47565	47570	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017155	AAC	3	9	47640	47648	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017155	AATG	2	8	47689	47696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017155	CT	3	6	47767	47772	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017155	GTT	2	6	47943	47948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017155	TGAA	2	8	47954	47961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017155	CT	3	6	47972	47977	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017155	CAC	2	6	48002	48007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_017155	CG	4	8	48079	48086	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017155	TGGT	2	8	48109	48116	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017155	CAG	2	6	48136	48141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017155	TCG	2	6	48162	48167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017155	TGG	2	6	48212	48217	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017155	T	6	6	48297	48302	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017155	ATC	2	6	48732	48737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017155	ATA	2	6	48810	48815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017155	TAA	2	6	48818	48823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017155	TA	3	6	48863	48868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017155	AGC	2	6	48924	48929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017155	CGT	2	6	48948	48953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017155	GTC	2	6	48954	48959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017155	CAA	2	6	48967	48972	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017155	CAA	2	6	48985	48990	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017155	TCA	2	6	48997	49002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017155	TTC	2	6	49071	49076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017155	AAC	2	6	49105	49110	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017155	TGA	2	6	49134	49139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017155	TTG	2	6	49171	49176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017155	TTAT	2	8	49185	49192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017155	CTT	2	6	50004	50009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017155	TTG	2	6	50083	50088	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017155	ATA	2	6	50092	50097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017155	A	6	6	50105	50110	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017155	TGAG	2	8	51001	51008	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017155	AAG	2	6	51075	51080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017155	ACC	2	6	51144	51149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_017155	ATA	2	6	51211	51216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017155	AGTA	2	8	51217	51224	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017155	TA	3	6	51227	51232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_017155	CCA	2	6	52527	52532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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171	NC_017155	GGGGT	2	10	55283	55292	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_017155	CAG	2	6	55493	55498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_017155	AT	3	6	61764	61769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_017155	GGTAA	2	10	79722	79731	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
283	NC_017155	CTT	2	6	79809	79814	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_017155	T	7	7	80092	80098	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_017155	GGA	2	6	80316	80321	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_017155	GCC	2	6	80443	80448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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298	NC_017155	CCG	2	6	80548	80553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.